Nach grundlegender musikalischer Ausbildung im Dresdener Kreuzchor studierte Eisenberg in Leipzig an der Hochschule „Felix Mendelssohn Bartholdy“ bei Wolfgang Schetelich. Er war Preisträger mehrerer internationaler Wettbewerbe. Auf der Grundlage seines umfassenden, jederzeit abrufbereiten Repertoires hat er sich eine ungewöhnliche Popularität erspielt. Bei zahlreichen Orgelneubauten und -renovierungen wird er als Orgelspezialist hinzugezogen.
1980 wurde er als Gewandhausorganist zu Leipzig verpflichtet, wo er gleichzeitig Cembalist des Leipziger Bachorchesters war. 1986 erfolgte die Übersiedlung in den Westen. Nach kirchenmusikalischer Tätigkeit in Frankfurt am Main und Hannover konzertierte er als Organist und Cembalist und spielte zahlreiche Rundfunk- und CD-Produktionen ein. Konzertreisen führen ihn in viele europäische Länder, außerdem in die USA, nach Kanada, Lateinamerika, Indien, Russland und Fernost. Von 1992 bis 2004 war Eisenberg Kirchenmusiker an St. Severin in Keitum / Sylt. Von dort aus setzte er seine Konzerttätigkeit auf dem Festland unvermindert fort. Im Jahre 2003 wurde Matthias Eisenberg zum Professor und Kirchenmusikdirektor ernannt. Von 2004 bis 2014 war er Kantor und Organist an der Luther-, Moritz- und Johanniskirche in Zwickau. Seitdem ist er freischaffend tätig.

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