Seit der Spielzeit 2011/12 ist Kay Kuntze Generalintendant und Künstlerischer Geschäftsführer, seit der Spielzeit 2012/13 auch Operndirektor am Theater Altenburg Gera.
Er studierte in Berlin an der Technischen Universität Mathematik und an der Hochschule der Künste Schulmusik, später Musik- und Theaterwissenschaft. Dann wechselte er an die Hochschule für Musik und Theater nach Hamburg. Dort erhielt er im von Prof. Götz Friedrich geleiteten Studiengang Musiktheater-Regie sein Diplom mit Auszeichnung. Anschließend war er Regieassistent u. a. an der Semperoper Dresden, der Komischen Oper Berlin und bei den Schwetzinger Festspielen. Festengagements führten ihn als Regieassistent an die Bühnen der Landeshauptstadt Kiel, als Spielleiter an die Deutsche Oper Berlin und als Chefregisseur ans Mittelsächsische Theater. Von 2002 bis 2012 war Kay Kuntze Künstlerischer Leiter der Berliner Kammeroper, die sich unter seiner Leitung auf die Erarbeitung zeitgenössischer Werke des Musiktheaters fokussierte, darunter viele Uraufführungen.
Als Dozent hat er u. a. im Studiengang Bühnenbild an der Technischen Universität Berlin und in den Opernklassen der Hochschule für Musik und Theater Leipzig und der Hochschule für Musik Weimar unterrichtet. Außerdem ist er als Juror gefragt, z. B. beim internationalen Gesangswettbewerb Kammeroper Schloss Rheinsberg, der Rheinsberger Opernwerkstatt und dem Bundeswettbewerb Gesang.
Im Deutschen Bühnenvereins ist er Mitglied im Tarifausschuss und stellvertretender Vorstands-Vorsitzender im Landesverband Thüringen. Außerdem ist er stellvertretender Vorsitzender im Fachausschuss des Bundeswettbewerb Gesang.
Bislang hat er im In- und Ausland etwa 90 Werke überwiegend im Musiktheater inszeniert, z. B. an Theatern in Berlin, Hamburg, Dresden, Bremen, Bremerhaven, Kiel, Lübeck, Bielefeld, Osnabrück, Cottbus, Altenburg/Gera, Potsdam, Schwerin; Bern, Linz, Innsbruck, Kaliningrad, Kopenhagen, Montpellier, Paris und Tel Aviv sowie für die Musikfestivals in Schleswig-Holstein und Mecklenburg-Vorpommern, die Kammeroper Schloss Rheinsberg und die Eutiner Festspiele. Häufig wurden Produktionen von Kuntze bei den Kritikerumfragen der „Opernwelt“ und der „Deutschen Bühne“ nominiert und mit Zuschauerpreisen ausgezeichnet.
Seine Inszenierung von Mieczysław Weinbergs Die Passagierin am Theater Altenburg Gera wurde in der Kategorie „Regie Musiktheater“ für den FAUST-Preis 2019 nominiert.